Če upravni organ po pridobitvi mnenj skladno s predpisano metodologijo za presojo sprejemljivosti ugotovi, da je gradnja objekta ocenjena neugodno, o tem obvesti investitorja. Ta lahko najpozneje v 90 dneh po vročitvi obvestila predlaga uvedbo postopka prevlade druge javne koristi nad javno koristjo ohranjanja narave.

Če je poseg v poročilu o vplivih na okolje oziroma v dodatku za varovana območja ocenjen neugodno, lahko investitor vloži predlog za uvedbo postopka prevlade javne koristi hkrati z vložitvijo zahteve za pridobitev integralnega gradbenega dovoljenja.

Predlog za uvedbo postopka prevlade javne koristi vsebuje gradiva in dokazila v skladu s predpisi, ki urejajo ohranjanje narave.

Predlog za uvedbo postopka prevlade javne koristi se vloži na ministrstvo, pristojno za ohranjanje narave, ki v 14 dneh preveri, ali je gradivo popolno, drugače pa zahteva njegovo dopolnitev.

Če je predlog za prevlado javne koristi vložen med postopkom izdaje integralnega gradbenega dovoljenja, upravni organ prekine postopek do rešitve predhodnega vprašanja prevlade javne koristi. V primeru iz drugega odstavka tega člena upravni organ prekine postopek po pridobitvi mnenj iz prejšnjega člena.

O prevladi javne koristi odloča vlada na predlog ministrstva, pristojnega za ohranjanje narave, pod pogoji in po postopku iz predpisov, ki urejajo ohranjanje narave, razen če Gradbeni zakon določa drugače.